入口が墳丘の上か横かというだけでなく、次のような違いがあります。竪穴式石室は、棺を納めたあと、大きな石で石室の上の部分をふさぎ、その上に埴輪などを飾ります。このため、一度ふさげば二度と開けられず、基本的に一人のためにつくられていました。
横穴式石室は、棺を埋めたあとでも、入口をふさいだ石や土を取りのぞけば、何度でも出入りすることができるので、時代を経て長く使われることが多く、親子だけでなく孫も同じお墓に入ることがあったようです。